制药工程专业培养具有制药工程方面的知识，能在医药、农药、精细化工和生物化工等部门从事医药产品的合成与工艺研究、医药产品开发、应用研究和经营管理等方面的高素质研究应用型专门人才。
制药工程是一个化学、药学（中药学）和工程学交叉的工科类专业，以培养从事药品制造，新工艺、新设备、新品种的开发、放大和设计人才为目标。
制药工程是一门工程技术科学，主要解决药品生产过程中的工程技术问题及药品生产质量管理规范问题，该专业在原精细化工专业基础上，侧重于化学制药工程，探索药物制备的基本原理以及实现工业生产的工程技术，包括新工艺、新设备、GMP改造等方面研究、开发、放大、设计、质量控制及优化等。
该制药工程专业学生主要学习有机化学、物理化学、化工原理、药物合成化学、制药工艺学、药物化学、药理学、药剂学、生物化学等方面的基本知识和基本理论，受到化学与化工实验技能、工程实践、计算机应用、科学研究与工程设计方法的基本训练，具有从事医药产品的开发与生产的基本能力。